Հայկական լեռնաշխարհը Մերձավոր Արևելքի ջրային գլխավոր աղբյուրն է, քաղցրահամ ջրի համաշխարհային եզակի օջախներից մեկը։ Լեռնային բարձր դիրքի շնորհիվ, այն նաև Առաջավոր Ասիայի խոշոր ջրաբաշխն է։ Հայկական լեռնաշխարհի գետերը պատկանում են չորս հիմնական ավազանին: Սև ծով, Պարսից ծոց, Կասպից ծով և ներքին ջրային ավազան:
Բարձրավանդակի ջրագրական ցանցը խիտ է, ճյուղավորված: Տեղումներից ստացվող ջրի մոտ 2/3-ը գոլորշիանում է, մնացածը առաջացնում է մակերևութային և ստորերկրյա հոսք: Ներքին հրաբխային բարձրավանդակում գերակշռում է ստորերկյա, իսկ ծալքավոր և ծալքաբեկորավոր լեռնաշղթաների շրջանում՝ մակերևութային հոսքը:
Գետային ցանցի մեծ մասը սելավաբեր է, շատ են ժամանակավոր ջրհոսքերը: Ըստ սնուցման աղբյուրների լեռնաշխարհի գետերը բաժանվում են անձրևային, հալոցքա յին, գրունտային և խառը սնուցման տիպերի: Նրանց առանձնահատկություններից են մակարդակի հանկարծակի և զգալի տատանումները, հզոր արտաբերման կոները, մեծ արագությունը և անկման ուժը: Մեծ արագությունների պատճառով գետերը չեն սառցակալում, սակայն հատակային սառցի և սղինի երևույթներ լինում են: Լեռնային գետերը նավարկության համար պիտանի չեն: Գետերի նշանակությունը առանձնապես մեծ է եղել ոռոգման և ձկնորսության համար։
Հայկական լեռնաշխարհի գետերը աչքի են ընկնում գետաբերուկներով: Գետերի տարեկան միջին հոսքը 70—75 խոր.կմ է:
Պարսից ծոցի ավազանին պատկանող խոշոր գետերն են` Տիգրիսը և Եփրատը, Կասպից ծովի` Կուրն ու Արաքսը, Սև ծովի` Ճորոխը:
Եփրատը կազմավորվում է Արևմտյան Եփրատի և Արևելյան Եփրատի միախառնումից։ Արևմտյան Եփրատը սկիզբ է առնում Ծաղկավետ լեռներից, հատելով մի քանի դաշտեր` ստորին հոսանքում ստեղծվում է Ակն խոր կիրճը և ապա դուրս գալիս Խարբերդի դաշտ։
Արևելյան Եփրատը (Արածանի) սկիզբ է առնում Ծաղկաց լեռների հյուսիսային լանջերից։ Ալաշկերտի մոտ նրան է միախառնվում Բագրևանդ վտակը։ Մինչ Խարբերդի դաշտում Արևմտյան Եփրատին միանալը գետն անցնում է մի քանի դաշտերով և նրանց միջև գտնվող խոր կիրճերով։ Արածանու ջրերը հազարամյակներ շարունակ օգտագործվել են Խարբերդի, Բալահովտի և Մշո դաշտերի ոռոգման համար։
Եփրատը Մալաթիայի դաշտում մի քանի վտակներ ընդունելուց հետո սզոցում է Հայկական Տավրոսի լեռնաշղթան և, առաջացնելով ավելի քան 300 սահանք ու ջրվեժ, դուրս է գալիս Միջագետքի հարթավայր։
Տիգրիսը սկիզբ է առնում Հայկական Տավրոսի լեռներիցև ձևավորվում է Արևմտյան և Արևելյան Տիգրիսի միախառնումից։ Այն, սնվելով Հայկական Տավրոսի միջին և բարձր գոտու առատ տեղումներից` ջրառատ է։ Ստորին հոսանքում այն միջագետքի հարթավայրում միանում է Եփրատին և կազմում Շաթ-էլ-Արաբ գետը։
Արաքսը սկիզբ է առնում Բյուրականի լեռների լճակ-աղբյուրներից, հոսում է հյուսիս-արևելք և ճեղքելով Հայկական Պարը` մտնում է Բասենի դաշտ:
Արաքսը հոսելով Կաղզվանի ոչ լայն դաշտում առաջացրած 1000 մ խորությամբ կիրճով` գալարուն հունով մտնում է Արարատյան դաշտ։
Արաքսը Մեղրու կիրճում սահանքներ առաջացնելուց հետո հոսում է Կոր-Արաքսյան դաշտավայրով և ակունքից սկսած 1072 կմթափառելուց հետո միանում է Կուրին։
Կուրը սկիզբ է առնում Կող բարձր լեռնային գոգավորության ճահիճներից։ Վերին հոսանքում այն գեղատեսիլ կիրճերով գետ է։ Ստորին հոսանքում հանդարտ հոսելով ` իր մեջ ներառում է Արաքսը և թափվում է Կասպից ծով: Կուրի նշանավորր վտակներն են Խրամ, Աղստև , Փարվանա և Թարթատ գետերը:
Ճորոխը սկիզբ է առնում Ճորոխի լեռնաշղթայի Չորմայրի գագաթից, սկզբում հոսում է դեպի արևմուտք, ապա շեղվում հյուսիս, անցնում Բաբերդի միջով, Լորի (Բլուր) վտակն ընդունելուց հետո ուղղությունը փոխում է դեպի արևելք ու հյուսիս արևելք։ Մինչև ծովափ հասնելը կտրում է Արևելապոնտական լեռները՝ առաջացնելով խորը կիրճ։
Ճորոխի խոշոր վտակներն են՝ Օլթի, Թորթում, Բերտա, Աջարա։ Ինչպես Ճորոխը, այնպես էլ նրա վտակները խոր կիրճեր են ստեղծել։ Վտակները հարուստ են սահանքներով, որոնք երկրակեղևի տեկտոնական շարժումների արգասիք են։ Ճորոխը Հայկական լեռնաշխարհի ամենաջրառատ գետերից մեկն է
Լեռնաշխարհի խոշորագույն լճերն են Ուրմիան, Վանը և Սևանը: Հայկական լեռնաշխարհի լճերն ունեն տեկտոնական (Ուրմիա, Ծովք), տեկտոնահրաբխային (Վանա, Սևանա, Արփի, Գայլատու), հրաբխային (Խանչալի, Փարվանա), խառնարանային (Նեմրութ, Աժդահակ), սառցադաշտային (Ալ, Սև, Քարի), սողանքային (Պարզ) ծագում: Բարձրավանդակում շատ են տեկտոնական, հրաբխային և սառցադաշտային ծագում ունեցող մանր լճերը (Արճիշակ, Արին, Խաչ, Նազիկ, Մադաթափա, Խոզապին, Տաբածղուրի, Ծովք, Չըլդրի և այլն):
Բարձրավանդակը հարուստ է ստորերկրյա ջրերով, որոնք երբեմն մակերևույթ են դուրս գալիս՝ առաջացնելով շամբուտներ (Միջին Արաքսյան գոգավորություն):